Desde junio del 2002 está remodelando sus instalaciones para adaptarse a la nueva ley de zoológicos aprobada en octubre del 2003.
En el caso del zoo cordobés se está trabajando en una estrategia global para dotar el espacio de instrumentos necesarios para el desempeño de las siguientes funciones: la investigación científica, la conservación de especies, la educación y el ocio.
El Zoológico Municipal junto con el Jardín Botánico y los Sotos de la Albolafia compondrán el gran área de la naturaleza urbana para el siglo XXI.